Hiyokoi est l'histoire d'une lycéenne plutôt petite. Elle a eu un accident le jour de la rentrée scolaire et a été absente pendant plusieurs mois. Le manga commence le jour de sa rentrée, Hiyori est son prénom et elle est vraiment timide, alors quand elle va se présenter à sa classe le populaire Yushin va faire son apparition et la bouleverser. Lui contrairement à Hiyori est vraiment grand, les voir l'un à coté de l'autre donne une impression bizarre. La petite Hiyori va tomber amoureuse, faire plein de rencontre et se faire de très bon souvenirs avec ceux de sa classe.